Добрый день.
Цитата: Агент ежемесячно предоставляет Принципалу :-отчет агента ,-оформленную Агентом счет-фактуру, с выделением в нем сумм НДС, предъявленных Агенту Снабжающими организациями в отношении обеспечения Объекта Коммунальными услугами.
И еще он передает заверенную агентом копию счета-фактуры, полученного от продавца. Если счет-фактура был в электронном виде, то принципалу можно передать в виде заверенной бумажной копии с отметкой о том, что оригинал подписан ЭЦП продавца (см. письмо Минфина от 05.03.2015 № 03-07-09/11604). Если агент приобрел услуги у нескольких продавцов, то в своем счете-фактуре он вправе объединить сведения из нескольких счетов-фактур, полученных от разных продавцов, если все эти счета-фактуры оформлены одной датой.
Сведения о полученных от продавцов счетах-фактурах агент указывает в гр. 12 части 1 журнала учета счетов-фактур (см. пп. "м" п. 7 раздела II приложения 3 к ПП РФ № 1137).
Цитата: Должен ли агент указывать НДС в выставляемых на оплату счетах на коммунальные?
Да, потому что продавец применяет ОСНО.
Цитата: При оплате счета Принципалом , с выделенным НДС , у налоговой Агента , возникнут вопросы , почему счет был оплачен с НДС ?
Нет, потому что оплачивается услуга продавца, а агент выступает лишь в роли посредника. Доходом агента является лишь сумма вознаграждения, и вот счет на его оплату уже точно не должен содержать информации о начислении НДС.